截至2020年底，SARS-CoV-2感染导致了超过8300万例Covid-19已知病例，在疫苗和抗体疗法的授权和部署方面取得了巨大进展。这些策略是针对病毒刺突蛋白的，但是病毒变体的出现，特别是在S基因中，威胁了它们的持续疗效。这些担忧促使人们加强对感染者病毒DNA的检测和测序，以便了解病毒变异的传染性、毒性和逃避现有疫苗的能力。纽约市的病毒变种出现了令人不安的增长。截至2021年3月30日，占新病例总数的72%以上的这些变异主要是在英国首次发现的B.1.1.7变异(占病例总数的26.2%)和在纽约市首次发现的B.1.526变异(占42.9%)。我们关注的两个领域与变异体逃避疫苗诱导的免疫和导致无症状感染(从而促进病毒传播)或疾病的能力有关。这两种结果都很重要，都需要独立考虑，而且都在很大程度上是未知的。新英格兰杂志最新文章报道了两例SARS-CoV-2变种突破性感染。

SARS-CoV-2的新变种值得临床关注。在一组417名至少2周前接受过BNT162b2(辉瑞-生物科技)或mRNA-1273 (Moderna)第二剂疫苗的患者中，我们发现2名女性出现了疫苗突破性感染。尽管有证据表明疫苗对这两名女性有效，但COVID-19的症状出现了，而且通过聚合酶链反应测试，她们的SARS-CoV-2检测呈阳性。病毒测序显示了可能具有临床重要性的变异，包括1名女性的E484K和两名女性的三个突变(T95I, del142-144和D614G)。这些观察结果表明，在成功接种疫苗和随后感染变异病毒后存在潜在的患病风险，并为继续努力预防和诊断感染和确定接种疫苗者的变异特征提供了支持。

患者1和患者2S基因变异和相关结果

该研究描述了两名完全接种疫苗的人，他们随后突破感染了SARS-CoV-2变种，并发展出了许多有兴趣的替代物。尽管有证据表明，第一剂疫苗在患者1中对刺突蛋白产生了强烈的抗体反应，但洛克菲勒大学的唾液聚合酶链反应(PCR)筛查在第二剂疫苗(加强疫苗)后19天确定了感染。患者2的感染检测也呈阳性，患者在36天前完成了疫苗接种。两名患者均有与疫苗增强临床反应一致的病史。在患者1中，记录的高滴度中和抗体出现在症状发展后不久。虽然在疾病前和接种疫苗后进行基线抗体测试是理想的，但仍有可能在加强针充分发挥作用前感染。考虑到临床历史，时间进程和中和抗体滴度测量，该团队认为很可能这两名患者对疫苗都有有效的免疫应答。尽管这些患者临床表现为轻微症状，但随着变异的持续发展，确定其他患者是否会出现严重症状是非常重要的。此外，来自患者1的数据表明，尽管对变异有高水平的中和抗体，但变异病毒的感染可以在高病毒载量的情况下持续。

患者1疫苗有效性

系统发育数

SARS-CoV-2序列检测显示，两名患者均感染了变异病毒。利用目标PCR扩增技术对序列变异进行快速鉴定，结果表明，这两个序列都不完全符合任何已知的分支。患者1中部分置换(T95I、del144、E484K、A570D、D614G、P681H、D796H)与B.1.526 (T95I、E484K、D614G6)共用，3个置换与患者2(检测到T95I、G142V、del144、F220I、R190T、R237K、R246T、D614G)共用。全病毒基因组测序显示了几个额外的替换，包括D796H，存在于一个鸟嘌呤胞嘧啶丰富的区域，但没有被靶向PCR识别。这些替代可能会降低对恢复期血清的敏感性，与首次在英国武汉和纽约发现的进化支相比，可能有一些独特的非编码变化。虽然对患者1的全基因组测序进行了更详细的分析，但不能断定该患者的变体是Pango谱系，因为它只出现在一个人身上。在系统发育树中，其最接近的链接分别为首次在英国发现的变异(B.1.1.7)和首次在纽约市发现的变异(B.1.526)。但有相当大的差异(图2和图3)。确定这是否可能是由于B.1.1.7和B.1.526之间的重组事件引起的，这是很有意义的，正如最近报道的B.1.1.7谱系和首次在武汉发现的“野生型”谱系之间的重组。共享替换可能是趋同进化的结果。

SARS-CoV-2变种的系统发育比较。红线表示患者1.

wuhan-hu-1分离株、E484K变异株和B.1.526变异株抗体中和试验

这些观察结果丝毫没有削弱联邦和州一级为美国人口接种疫苗所采取的紧急努力的重要性。它们还有助于推进一种新的疫苗增强剂(以及一种泛冠状病毒疫苗)，以增强对变异病毒的保护。2021年1月，Moderna宣布临床研究致力于以SARS-CoV-2的一个新变种为靶点，该变种首次在南非发现，包括血管紧张素转化酶2受体结合域的三个突变(E484K、N501Y和K417N)。这些努力具有至关重要的价值，因为最近的研究表明，免疫对首次在南非发现的变体(B.1.351)的效力较弱，这种变体可能对自然感染或接种疫苗产生的中和抗体产生了部分抗性。与此同时，该研究观察强调了免疫和潜在病毒逃逸突变体自然选择之间持续竞争的重要性。在这一关键时期，该研究支持了维护多层缓解策略的必要性，包括对无症状者进行系列检测，公开发布和分析疫苗接种和感染数据库，以及从各种高危人群中获得的SARS-CoV-2 RNA的快速测序。

总之，这些观察结果为当前的策略提供了支持，以主动地监控多个变量。这些策略包括对有症状和无症状者进行病毒检测，对病毒RNA进行测序，以及监测中和抗体滴度，特别是在接种疫苗后感染的人中。

原文出处

Hacisuleyman E, Hale C, Saito Y, et al. Vaccine Breakthrough Infections with SARS-CoV-2 Variants [published online ahead of print, 2021 Apr 21]. N Engl J Med. 2021;10.1056/NEJMoa2105000. doi:10.1056/NEJMoa2105000