淋巴瘤的发病部位不一，临床表现多样，因此与其他肿瘤相比诊断更加困难。最常需要鉴别的是否由良性疾病引起的淋巴结增生肿大，此外还需要和淋巴结转移癌相鉴别。此时鉴别的主要依据是病理诊断，也就是在显微镜下寻找恶性细胞的踪迹。尽管医生丰富的从医经验，高超的望闻问切、视触扣听，精细的检查化验，都有助于提出正确的诊断方向、可能的疾病类型以及最适合的诊断手段，但是无论如何都无法替代病理诊断。
 
由此看出，病理诊断是淋巴瘤、也是所有恶性肿瘤诊断的“金标准”。不管病灶的深浅、位置、大小、形状、硬度如何，必须进行病理活检才能诊断或者排除淋巴瘤。浅表淋巴结可以切除活检，深部病灶则需要在B超或者CT引导下粗针穿刺活检，胃肠、鼻咽、呼吸道病灶可以行内镜活检，胸腔或者盆、腹腔病灶可以行腔镜活检，必要时需要开腹、开胸探查取病理组织。虽然比较麻烦，但是对于确诊淋巴瘤是不可缺少的。即便过去曾经患过淋巴瘤，再次出现淋巴结肿大、考虑复发时也要尽量再取组织进行病理诊断，一方面是为了明确淋巴瘤是否复发，另一方面是因为某些淋巴瘤类型可能会发生病理转化，转变为其他类型的淋巴瘤，治疗和预后往往也随之而变。
 
 
有的患者可能会担心这些穿刺和活检可能会造成淋巴瘤细胞转移。从理论上说，这种情况是存在的，这种猜想也是合理的。但是从逻辑上分析，如果真是淋巴瘤或者其他恶性肿瘤，即便不穿刺，恶性肿瘤细胞也会突破肿瘤病灶的包膜并侵犯到邻近、甚至远处的器官组织，即便不突破包膜，恶性肿瘤细胞也会侵入肿瘤内部丰富的血管和淋巴管，随着血液和淋巴液广泛播散，这是恶性肿瘤的特性。何况，在穿刺或者活检后不久，如果病理诊断明确了，绝大多数患者会立即接受治疗。而如果不做穿刺或活检，就得不到正确的病理诊断，选择任何治疗都是盲目的，误诊误治的概率极高，既不符合医疗规范，也会给患者造成极大的伤害。
 
 
如果病理诊断初步考虑淋巴瘤，还需要进行多种免疫组化染色进一步确诊。即便确诊了淋巴瘤，也要继续进行病理分型，因为目前已知淋巴瘤有近70种类型，不同类型的治疗和预后差别非常显著。
 
由于患病的淋巴结和淋巴组织是人体的健康屏障，是人体抵御入侵者和整顿内部环境的“战场”，常常“满目疮痍、敌我难辨”，在良恶性疾病之间有时难以鉴别，因此和其他恶性肿瘤相比较，淋巴瘤的病理诊断就更为困难，也容易误诊。这是由人体淋巴组织的特殊使命和当今医学的局限性造成的，即便全世界最优秀的病理专家也难以做到百分之百的正确诊断和分型。对于有疑问的病例，也可能需要多位经验丰富的病理专家进行会诊。甚至为了取得满意的病理组织而需要反复取活检。虽然这过程繁琐又延误时间，但是本着对患者高度负责的态度，这是必需的过程，需要患者和家属的理解和耐心。
 
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