1941年太平洋战争爆发，日本袭击珍珠港之后，进攻东南亚。在东南亚战场上，澳军第8师参加了保卫马来亚和新加坡的战斗。被山下奉文指挥的日军第25军击败。1942年2月新加坡沦陷时，澳大利亚第8师1万5千多名官兵被日军俘虏。日军曾残杀澳大利亚护士的。

日军将盟军在马来亚和新加坡战俘关押在原本是盟军要塞的樟宜战俘营。1942年6月至1943年10月，日军将战俘从新加坡樟宜运到泰缅铁路的工地上。泰缅铁路曾被称为“死亡铁路”，修建的目的是通过泰国把马来半岛的增援和物资送给占据缅甸的日本部队。日本工程师根据崎岖的山区地形推算，铁路至少要五年才能完成，但日军靠6万多盟军战俘和30多万亚洲劳工，只用了18个月就完工。

泰缅铁路工地中中有一个叫爱德华·邓勒普的战俘。据邓勒普的日记记载，建设铁路的工地简直就是人间地狱。疾病肆虐、看守残暴、食物匮乏，即使是青壮年没几天也会变得瘦骨嶙峋，活似骷髅。二战中，盟军在德军战俘营的死亡率是4%，在日军战俘营的死亡率却是29%。

泰缅铁路战俘的情况更加糟糕。共有1.2万名盟军战俘葬身此地，其中英国战俘占了29%，澳大利亚人占69%。很多人死于霍乱、痢疾等疾病，但是绝大多数是被活活饿死的，战俘每天只给两碗米饭，非常容易被各种热带疾病的侵害。日本人还运来了大量亚洲劳工，他们的命运也是非常的悲惨。泰缅铁路修完之时，有5千5百多名战俘送命。

1943年秋天，参与修建缅泰建设的战俘被送回樟宜战俘营。1944年5月关押到樟宜监狱。最终，他们在樟宜监狱迎来了解放。在樟宜战俘营的盟军战俘中，英军的死亡率是26%，美军是33%，澳大利亚战俘则高达36%。

澳大利亚战争纪念馆有一张照片。照片上是澳大利亚战俘莱恩·西弗里，他被蒙着眼睛，跪在地上，边上一名日本军官举起军刀，朝他的头砍去。西弗里特1941年参军，他的家人直到1946年才得知他的死讯，而他的尸骨已无处可寻。

澳大利亚战俘死亡率最高的是在山打根战俘营。有2000多名澳大利亚和英国士兵，被打是每天都在进行的，他们没有一天能够吃饱，在浑身是伤而且在没有一天吃饱的情况下，每天还要干十几个小时的重体力活。1945年初，当盟军即将攻至山打根时，日军强迫山打根战俘营那些看上去身体较好的1577名战俘步行250公里，穿越丛林前往拉瑙。其中有超过一半的战俘死在途中，剩余的战俘在6个月内病死、饿死、被打死，2000多人中只有6人在途中逃脱，得以生还，那些被留在山打根战俘营的，则全部死亡。

这种虐杀俘虏的事情非常多，澳大利亚在战后的审判中，揭露了几起特别恶劣的罪行。在新几内亚的一个法庭上一名日本军官被指控曾经吃过人肉，他吃了一名澳大利亚战俘的肉。被处以绞刑。还有日本人被指控在西里伯岛把4个飞行员钉死在十字架上，也被处以绞刑。

在1943年12月，日本海军警备队第83大队指挥官少将田村隆一下令，处死巴布亚新几内亚卡维恩集中营的23名澳大利亚平民，海军少尉望月七太郎等人负责执行，将23名平民淹死。战后澳大利亚军事法庭判处田村隆一死刑，另外五名相关战犯被判处4到20年不等的刑期。

二战期间，有3万多名澳大利亚军人沦为战俘，其中2万2千人被日军俘虏，只有1万四人在1945年活着回到澳大利亚。死亡率高达百分之50以上，日本人把《关于战俘待遇之日内瓦公约》当成了一张白纸。